1997年财政部、原国家科委颁布的《科学事业单位财务制度》（财文字〔1997〕25号）是规范科学事业单位财务管理的重要依据。随着我国公共财政体制的逐步完善和科技体制改革的不断深入，部分内容已经不能完全适应新形势、新要求。为进一步规范科学事业单位财务行为，加强财务管理和监督，提高资金使用效益，促进科技事业健康发展，财政部会同科技部对原制度进行了修订，修订后的《科学事业单位财务制度》(财教〔2012〕502号)于2012年12月28日公布,并于2013年1月1日起实施。
根据2012年修订的《事业单位财务规则》（财政部令第68号），结合科学事业单位实际，这次修订遵循了保持现有科学事业单位财务制度框架、体现财政改革相关成果、坚持科学事业单位的公益属性、突出科学化精细化管理要求的基本原则，增设了“内部成本费用管理”和“财务监督”两章，增加了三十二条，共分十三章八十五条，包括总则、单位预算管理、收入管理、支出管理、结转和结余管理、专用基金管理、资产管理、负债管理、内部成本费用管理、财务清算、财务报告和财务分析、财务监督和附则。修订的主要内容有：
适应财政改革的新要求，加强科学事业单位预算、收支和结转结余管理。《事业单位财务规则》是规范事业单位财务活动的最高层次法规，是《科学事业单位财务制度》的“上位法”。适应财政改革的新要求，同时根据修订后《事业单位财务规则》的新规定，加强了科学事业单位的预算、收支和结转结余管理。一是按照部门预算改革的要求，进一步规范单位预算编制，要求单位所有的收入和支出全部纳入单位预算，完善了预算编制程序；加强预算执行管理，严格预算执行制度，尽量减少预算执行过程中的调整；增加决算管理内容，强化决算管理，体现预决算管理的完整性。二是规范和加强了收入支出管理。实行了“大收大支”管理，进一步健全了科学事业单位收支管理制度。修改完善财政补助收入和事业支出的定义，在事业收入中新增教学活动收入，在支出管理中增加了部门预算、国库集中支付、政府采购、票据管理等制度改革和管理有关要求。三是完善结转和结余资金管理。将原结余划分为结转和结余并实行不同管理；将结转和结余又划分为财政拨款结转和结余、非财政拨款结转和结余两部分，并分别作出原则性规定，以满足对这两类不同性质的资金管理需要。
结合科学事业单位业务特点，加强科研项目资金管理。开展科研活动是科学事业单位的主要业务活动，《财务制度》大大充实了科研项目财务管理的内容。一是加强了科研项目预算管理。明确单位是科研项目预算管理的责任主体，对科学、合理、真实地编制科研项目预算提出了明确要求，并规定科研项目经费预算要按要求进行公开等。二是加强了科研项目经费支出管理。明确规定科研项目资金，应当按照国家有关规定或者合同要求进行管理，不得截留、挤占、挪用和违反规定转拨资金，不得虚列支出，不得以任何形式谋取私利。三是加强了科研项目资金结转结余管理。针对目前部分科研项目存在结题后长期挂账、不按规定结题结账、对结转结余经费不按规定执行等情况，对科研项目资金结转结余进行了规范。
加强科学事业单位资产管理，规范了内部成本费用核算。一是根据形势的变化，新制度提高了固定资产单位价值标准，将单位价值从500元以上提高到1000元以上。二是明确规定单位应当在保证正常运转和事业发展的前提下对外投资，并履行相关审批程序。强调科学事业单位不得使用财政拨款及其结余进行对外投资，不得从事股票、期货、基金、企业债券等投资。三是针对科学事业单位的实际，要求单位建立资产共享共用制度。四是明确规定对固定资产计提折旧，对无形资产进行摊销，以真实反映单位固定资产和无形资产的价值，为实施内部成本费用管理打下基础，创造便利条件。同时，对固定资产计提折旧办法和无形资产摊销办法作了原则性规定，规定折旧和摊销不在单位当期支出中反映，对单位的正常支出管理不产生冲击。
为更好地为财政部门研究制定科研项目相关支出标准以及核定科研项目预算提供参考，也为有关科技主管部门进行科技管理决策、合理高效配置科技资源提供有力支撑，《财务制度》规定具备条件的科学事业单位应当在支出管理的基础上，按照财务主管部门和财政部门的要求或者根据业务发展需要，以科研项目为基本核算对象实施内部成本费用管理。《财务制度》对内部成本核算的对象、方法、各类成本费用的界定和划分等进行了统一的规定，建立起比原制度更加规范的成本费用管理办法，促进科学事业单位加强经济核算，加强绩效管理。
加强财务监督，建立健全科学事业单位财务监督制度。财务监督是科学事业单位财务管理的重要组成部分，为了建立健全财务监督制度，《财务制度》增设了“财务监督”一章。一是规定了财务监督的主要内容，要求对单位财务运行的全过程实施监督，包括对预算管理、收入管理、支出管理、科研项目资金管理、结转和结余管理、专用基金管理、资产管理、负债管理等的监督。二是明确了财务监督机制，实行事前监督、事中监督、事后监督相结合，日常监督与专项监督相结合。三是规定了内部和外部监督制度，要求单位应当建立健全内部控制制度、经济责任制度、财务信息披露制度等监督制度，并依法接受财务主管部门和财政、审计部门的监督。
目前，财政部、科技部还对《财务制度》的贯彻落实工作做出布置，制定了新制度的培训方案，即将启动新制度的培训工作，并指导各地方、各部门根据实际情况开展培训，同时，要求各单位加强对新制度的学习，结合新制度的规定，完善内部财务管理办法，做好新旧制度的衔接工作等。
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